Biskup Jan Fondaliński urodził się 14 lipca 1900 r. w Wyśmierzycach k. Radomia. Po ukończeniu Gimnazjum Filologicznego w Sandomierzu wstąpił do Seminarium Diecezjalnego w Łodzi. 30 listopada 1924 r. przyjął święcenia kapłańskie z rąk bp. Wincentego Tymienieckiego. Pracował jako wikariusz w Zgierzu, Brzezinach, Łodzi (parafia katedralna) i w Piotrkowie Trybunalskim. W latach 1931-33 studiował na Katolickim Uniwersytecie w Lowanium w Belgii, uzyskując stopień kandydata nauk pedagogicznych i psychologicznych. Następnie przez trzy lata pełnił funkcję ojca duchownego w Seminarium Diecezjalnym w Łodzi. W 1939 r. objął funkcję proboszcza parafii w Brzezinach; stąd został wywieziony do Konstantynowa Łódzkiego, a następnie do obozu koncentracyjnego w Dachau. Został uwolniony 29 kwietnia 1945 r. po zajęciu Dachau przez wojska amerykańskie.

Po powrocie do kraju został w 1947 r. ojcem duchownym Seminarium Duchownego w Łodzi i był wykładowcą teologii ascetycznej, psychologii i pedagogiki. W 1947 r. został kanonikiem gremialnym Kapituły Katedralnej Łódzkiej. W roku 1950 zdobył tytuł doktora teologii na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W latach 1951-61 administrował parafią św. Wojciecha w Łodzi.

3 czerwca 1957 r. został mianowany przez papieża Piusa XII biskupem tytularnym Doberus (Bułgaria), a zarazem biskupem pomocniczym diecezji łódzkiej. Konsekracja ks. Jana Fondalińskiego odbyła się 8 września 1957 r. w katedrze łódzkiej; konsekratorem był biskup łódzki Michał Klepacz, a współkonsekratorami bp Kazimierz Tomczak i bp Franciszek Korszyński.

W latach 1961-71 pełnił funkcję proboszcza parafii katedralnej. Był też kierownikiem Wydziału do Spraw Zakonnych i przewodniczącym Komisji Konserwatorsko-Budowlanej oraz członkiem Komisji Episkopatu do Spraw Duszpasterstwa Świeckich. W 1960 r. został prałatem scholastykiem Katedralnej Kapituły Łódzkiej, a w 1970 prałatem dziekanem w tejże Kapitule.

Zmarł 5 sierpnia 1971 r., przeżywszy 71 lat, 41 lat w kapłaństwie i 14 lat w biskupstwie. Został pochowany na cmentarzu św. Józefa przy ul. Ogrodowej w Łodzi.